Les séquences répétées de type transposon représentent plus de 1/3 du génome des vertébrés
Génome humain: 45% !!
Les 4 types d'éléments transposables chez les mammifères
21% du génome humain. Le plus commun de ces éléments est L1: 6kb.
Contiennent un promoteur Pol-II et 2 ORFs.
Après traduction, l'ARN LINE s'assemble avec ses propres protéines et se déplace vers le noyau ou l'ARN est reverse transcrit et s'insère dans le génome au niveau d'une coupure simple brin. La transcription inverse s'interrompt souvent avant terme, créant de nombreux inserts tronqués (la plupart en fait)
La machinerie LINE est responsable également de la retrotranscription des éléments SINE.
Il y a en fait trois familles de LINE dans le génome humain (LINE1, LINE2, LINE3), mais seule L1 est active.
>L1 element| Human L1 interspersed repetitive sequence-full length copy ggcggtggagccaagatgaccgaataggaacagctccagtctatagctcccatcgtgagt gacgcagaagacgggtgatttctgcatttccaactgaggtaccaggttcatctcacaggg aagtgccaggcagtgggtgcaggacagtagtgcagtgcactgtgcatgagccgaagcagg gcgaggcatcacctcacccgggaagcacaaggggtcagggaattccctttcctagtcaaa gaaaagggtgacagatggcacctggaaaatcgggtcactcccgccctaatactgcgctct tccaacaagcttaacaaatggcacaccaggagattatatcccatgcctggctcagagggt cctacgcccatggagcctcgctcattgctagcacagcagtctgaggtcaaactgcaaggt ...(850 000 LINE dans génome humain)
Contiennent un promoteur pol-III mais pas d'ORF
Vivent sur le dos des LINE
13% du génome humain. 3 types: Alu, MIR et Ther2/MIR3.
La plus connue est ALU, la seule SINE active: 290 bp constitué de 2 répétitions en tandem de 130 bp.
On ne trouve pas ces séquences dans les régions codantes, mais souvent dans l'unité de transcription, soit dans les introns, soit dans les parties non traduites des ARNm.
>ALU | Human ALU interspersed repetitive sequence - consensus A ggccgggcgcggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggccgaggcgggcgga tcacctgaggtcaggagttcgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccgtctctact aaaaatacaaaaattagccgggcgtggtggcgcgcgcctgtaatcccagctactcgggag gctgaggcaggagaatcgcttgaacccgggaggcggaggttgcagtgagccgagatcgcg ccactgcactccagcctgggcgacagagcgagactccgtctcaaaaaaaa(1 500 000 SINEs par génome humain haploide, dont 1 000 000 Alu)
Ces deux types de séquences sont considérées comme rétrotransposables, cad pouvant se répliquer via une copie ARN insérée dans l'ADN par transcription inverse. Ils sont flanqués par des répétitions directes.
Long terminal repeats avec tous les éléments de régulation de transcription
A l'intérieur: protease, reverse transcriptase, RNAse H et integrase
L'acquisition du gène env suffit pour en faire un véritable rétrovirus exogène.
Ressemble aux transposons bactériens
Flanqué par répétitions inversées
Code pour une transposase
Au moins 7 classes de transposons ADN dans le génome humain