El concepto de función de un elemento o proceso dentro de un sistema se puede confundir a veces con el de una finalidad u objetivo marcado para tal sistema. Esto último correspondería a una explicación teleológica, cuyo nombre proviene del griego telos, que significa fin u objetivo. La explicación teleológica es en general inadecuada en ciencias naturales, puesto que requiere establecer conscientemente unos objetivos, algo que no tiene sentido en la mayoría de sistemas, ya sean inertes o vivos.
En cambio, la explicación teleológica sí puede resultar apropiada en ciencias sociales, donde las acciones humanas pueden ir dirigidas a lograr ciertos objetivos, y se basan en la unión de dos circunstancias: la intención de lograr esos objetivos y la creencia en que una determinada acción es la adecuada para alcanzarlos. Se puede hablar entonces de explicación intencional: que una persona quiera actuar de cierta manera, empujada por sus deseos, necesidades o creencias, puede considerarse una explicación para el hecho de que la acción tenga lugar. De esta manera, en la explicación intencional están involucrados los conceptos de creencia y quizá también, aunque no necesariamente, el de racionalidad. Un ejemplo de explicación intencional es el de un profesor que realiza un curso sobre fundamentos de la ciencia porque quiere ayudar a sus alumnos a llevar a cabo una investigación científica en el aula. El profesor cree que ese curso es un medio adecuado para contribuir a lograr sus fines, es decir, hay una intención detrás de la acción y una creencia en que tal acción contribuirá a lograr el objetivo.
En ocasiones se atribuyen intenciones a los seres vivos o a la naturaleza en su conjunto. Esto ocurre en el mejor de los casos por abuso del lenguaje, y en el peor de los casos para justificar doctrinas anticientíficas, como el diseño inteligente de los seres vivos. Las explicaciones teleológica e intencional tampoco resultan adecuadas en ciencias sociales cuando se refieren a conceptos abstractos o colectivos en lugar de a individuos; por ejemplo, no tiene sentido dar explicaciones basadas en los objetivos e intenciones de la sociedad en su conjunto, o de la economía de mercado.
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