Thermotogae
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| Thermotogae | |
|---|---|
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| Classificazione scientifica | |
| Dominio | Bacteria |
| Regno | Protista |
| Superphylum | Eurybacteria |
| Phylum | Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 |
| Classe | Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 |
| Sinonimi | |
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| Ordini | |
I Thermotogae rappresentano un phylum del dominio Bacteria. Il phylum Thermotogae è composto da batteri Gram-negativi, anaerobi, e per la maggior parte termofili e ipertermofili.[1][2]
Tassonomia[modifica | modifica wikitesto]
Questo phylum consiste di una sola classe (Thermotogae), quattro ordini (Thermotogales, Kosmotogales, Petrotogales, e Mesoaciditogales) e cinque famiglie (Thermatogaceae, Fervidobacteriaceae, Kosmotogaceae, Petrotogaceae, e Mesoaciditogaceae).[1][2][3][4][5][6][7] Contiene un totale di 15 generi e 52 specie.[8]
La seguente filogenesi è basata sul lavoro di All-Species Living Tree Project.[9]
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La tassonomia correntemente accettata è basata su List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN)[10] and the National Center for Biotechnology Information (NCBI).[11]
- Phylum Thermotogae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014 [Thermotogaeota Oren et al. 2015]
- Classe Thermotogae Reysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
- Genere Caldotoga Xue et al. 1999
- Specie Caldotoga fontana Xue et al. 1999
- Ordine Thermotogales Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
- Famiglia Fervidobacteriaceae Bhandari & Gupta 2014
- Genere Fervidobacterium Patel et al. 1985
- Specie ?F. pennivorans Friedrich and Antranikian 1999
- Specie F. changbaicum Cai et al. 2007
- Specie F. gondwanense Andrews and Patel
- Specie F. islandicum Huber et al. 1991
- Specie F. nodosum Patel et al. 1985 (specie tipo)
- Specie F. riparium Podosokorskaya et al. 2011
- Genere Thermosipho Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996
- Specie ?T. ferriphilus Kendall et al. 2002
- Specie T. activus Podosokorskaya et al. 2014
- Specie T. affectus Podosokorskaya et al. 2011
- Specie T. africanus Huber et al. 1989 emend. Ravot et al. 1996 (specie tipo)
- Specie T. atlanticus Urios et al. 2004
- Specie T. geolei L'Haridon et al. 2001
- Specie T. globiformans Kuwabara et al. 2011
- Specie T. japonicus Takai and Horikoshi 2000
- Specie T. melanesiensis Antoine et al. 1997
- Genere Fervidobacterium Patel et al. 1985
- Famiglia Thermotogaceae Reysenbach 2002 emend. Bhandari & Gupta 2014
- Genere Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014
- Specie P. elfii (Ravot et al. 1995) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga elfii Ravot et al. 1995]
- Specie P. hypogea (Fardeau et al. 1997) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga hypogea Fardeau et al. 1997]
- Specie P. lettingae (Balk, Weijma & Stams 2002) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga lettingae Balk, Weijma & Stams 2002]
- Specie P. thermarum (Windberger et al. 1992) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga thermarum Windberger et al. 1992]
- Specie P. subterranea (Jeanthon et al. 2000) Bhandari & Gupta 2014 [Thermotoga subterranea Jeanthon et al. 2000]
- Genere ?Thermopallium Duckworth et al. 1996
- Specie Thermopallium natronophilum Duckworth et al. 1996
- Genere Thermotoga Stetter and Huber 1986
- Specie ?T. katamachii Takahata et al. 2000
- Specie ?T. kuroii Takahata et al. 2000
- Specie T. maritima Stetter and Huber 1986 (specie tipo)
- Specie T. naphthophila Takahata et al. 2001
- Specie T. neapolitana Jannasch et al. 1989
- Specie T. petrophila Takahata et al. 2001
- Genere Pseudothermotoga Bhandari & Gupta 2014
- Famiglia Fervidobacteriaceae Bhandari & Gupta 2014
- Ordine Kosmotogales Bhandari & Gupta 2014
- Famiglia Kosmotogaceae Bhandari & Gupta 2014
- Genere Kosmotoga DiPippo et al. 2009 emend. Nunoura et al. 2010 [Thermococcoides Feng et al. 2010]
- Specie K. arenicorallina Nunoura et al. 2011
- Specie K. olearia DiPippo et al. 2009 (specie tipo)
- Specie K. pacifica L'Haridon et al. 2016
- Specie K. shengliensis (Feng et al. 2010) Nunoura et al. 2013 [Thermococcoides shengliensis Feng et al. 2010]
- Genere Mesotoga Nesbo et al. 2013
- Genere Kosmotoga DiPippo et al. 2009 emend. Nunoura et al. 2010 [Thermococcoides Feng et al. 2010]
- Famiglia Kosmotogaceae Bhandari & Gupta 2014
- Ordine Mesoaciditogales Itoh et al. 2015
- Famiglia Mesoaciditogaceae Itoh et al. 2015
- Genere Athalassotoga Itoh et al. 2015
- Specie Athalassotoga saccharophila Itoh et al. 2015
- Genere Mesoaciditoga Reysenbach et al. 2013
- Specie Mesoaciditoga lauensis Reysenbach et al. 2013
- Genere Athalassotoga Itoh et al. 2015
- Famiglia Mesoaciditogaceae Itoh et al. 2015
- Ordine Petrotogales Bhandari & Gupta 2014
- Famiglia Petrotogaceae Bhandari & Gupta 2014
- Genere Defluviitoga Ben Hania et al. 2012
- Specie Defluviitoga tunisiensis Ben Hania et al. 2012
- Genere Geotoga Davey et al. 1993
- Specie G. aestuarianus Holton et al. 2002
- Specie G. petraea Davey et al. 1993 (specie tipo)
- Specie G. subterranea Davey et al. 1993
- Genere Marinitoga Wery et al. 2001
- Specie M. hydrogenitolerans Postec et al. 2005
- Specie M. camini Wery et al. 2001 (specie tipo)
- Specie M. litoralis Postec et al. 2010
- Specie M. okinawensis Nunoura et al. 2007
- Specie M. piezophila Alain et al. 2002
- Genere Oceanotoga Jayasinghearachchi and Lal 2011
- Specie Oceanotoga teriensis Jayasinghearachchi and Lal 2011
- Genere Petrotoga Davey et al. 1993
- Specie P. halophila Miranda-Tello et al. 2007
- Specie P. mexicana Miranda-Tello et al. 2004
- Specie P. miotherma Davey et al. 1993 (specie tipo)
- Specie P. mobilis Lien et al. 1998
- Specie P. olearia L'Haridon et al. 2002
- Specie P. sibirica L'Haridon et al. 2002
- Genere Defluviitoga Ben Hania et al. 2012
- Famiglia Petrotogaceae Bhandari & Gupta 2014
- Genere Caldotoga Xue et al. 1999
- Classe Thermotogae Reysenbach 2002 [Togobacteria Cavalier-Smith 2002]
Note[modifica | modifica wikitesto]
- ^ a b Huber R., Hannig M., Thermotogales, in Prokaryotes, vol. 7, 2006, pp. 899–922, DOI:10.1007/0-387-30747-8_38, ISBN 978-0-387-25497-5.
- ^ a b Gupta, RS (2014) The Phylum Thermotogae. The Prokaryotes 989-1015. Springer Berlin Heidelberg.
- ^ Reysenbach, A.-L. (2001) Phylum BII. Thermotogae phy. nov. In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, pp. 369-387. Eds D. R. Boone, R. W. Castenholz. Springer-Verlag: Berlin.
- ^ Gupta R.S. e Bhandari V., Phylogeny and molecular signatures for the phylum Thermotogae and its subgroups, in Antonie van Leeuwenhoek, vol. 100, n. 1, 2011, pp. 1–34, DOI:10.1007/s10482-011-9576-z, PMID 21503713.
- ^ Oren A, Garrity GM, List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published, in Int. J. Syst. Evol. Microbiol., vol. 65, n. 7, 2015, pp. 2017–2025, DOI:10.1099/ijs.0.000317, PMID 28056215.
- ^ Itoh T, Onishi M, Kato S, Iino T, Sakamoto M, Kudo T, Takashina T, Ohkuma M, Athalassotoga saccharophila gen. nov. sp. nov. isolated from an acidic terrestrial hot spring of Japan, and proposal of Mesoaciditogales ord. nov., Mesoaciditogaceae fam. nov. in the phylum Thermotogae, in Int. J. Syst. Evol. Microbiol., vol. 66, n. 2, dicembre 2015, pp. 1045–1051, DOI:10.1099/ijsem.0.000833, PMID 26651491.
- ^ Bhandari V, Gupta RS, Molecular signatures for the phylum (class) Thermotogae and a proposal for its division into three Ordines (Thermotogales, Kosmotogales ord. nov. and Petrotogales ord. nov.) containing four families (Thermotogaceae, Fervidobacteriaceae fam. nov., Kosmotogaceae fam. nov. and Petrotogaceae fam. nov.) and a new Genere Pseudothermotoga gen. nov. with five new combinations, in Antonie van Leeuwenhoek, vol. 105, n. 1, gennaio 2014, pp. 143–168, DOI:10.1007/s10482-013-0062-7, PMID 24166034.
- ^ Euzeby JP. List of prokaryotic names with standing in nomenclature. http://www.bacterio.cict.fr/t/thermotogales[collegamento interrotto].
- ^ 16S rRNA-based LTP release 123 (full tree) (PDF), su arb-silva.de, Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. URL consultato il 20 marzo 2016 (archiviato dall'url originale il 7 giugno 2019).
- ^ J.P. Euzéby, Thermotogae, su bacterio.net, List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). URL consultato il 20 marzo 2016.
- ^ Sayers, Thermotogae, su ncbi.nlm.nih.gov, National Center for Biotechnology Information (NCBI) taxonomy database. URL consultato il 20 marzo 2016.
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