Conceptos Básicos Enzimología. Mecanismos Catalíticos

ENZIMOLOGÍA
Tema 6. Enzimas: concepto y características generales.

Nomenclatura y clasificación. Centro activo. Cofactores.
Isoenzimas.
Conceptos Básicos
La catálisis enzimática es esencial para los sistemas biológicos
Las biomoléculas son muy estables en las condiciones biológicas de manera

que las reacciones no catalizadas son lentas
Los enzimas son catalizadores biológicos. Son proteínas (excepción

ribozimas) con actividad catalítica
Actúan sobre sustancias denominadas sustratos
Modifican la molécula del sustrato, pero no sufre ninguna modificación

la molécula enzimática
Conceptos Básicos
Los enzimas se caracterizan por 2 propiedades fundamentales:
Su poder catalítico
Su especificidad. Son específicos para la reacción que catalizan y para el

sustrato sobre el que actúan
La parte del enzima donde se une el sustrato para ser modificado se

denomina centro activo
Expresión de la Actividad Enzimática
Unidad de actividad enzimática. Es la cantidad de enzima que

origina la transformación de 1 mol de sustrato por minuto, a 25 0C y
en condiciones óptimas de medida
Actividad específica. Es el número de unidades de actividad

enzimática/mg de proteína
Número de recambio. Es el número de moléculas de sustrato

transformadas por unidad de tiempo y por molécula de enzima
También se le denomina actividad molar o molecular
Características de los Centros Activos
1. Es una pequeña región de la molécula

enzimática
2. No es un punto ni una línea. Es una entidad

tridimensional formada por grupos
químicos procedentes de diferentes partes
de la secuencia lineal de aminoácidos
Características de los Centros Activos
3. Es por lo general un hoyo o una hendidura
4. El sustrato se une al centro activo mediante

enlaces débiles
5. Es por lo general apolar

Configuración de los Centros Activos
1. Modelo de Fischer
2. Modelo de Koshland (adaptación o encaje inducido)

Modelo de Fischer
Modelo de Koshland
Formas complementarias de un sustrato y su sitio de
fijación sobre un enzima Encaje inducido en la hexoquinasa
Dihidrofolato reductasa
El sustrato NADP+ se fija en una bolsa complementaria en forma y

propiedades iónicas
Especificidad Enzimática
Los enzimas son específicos:
Para la reacción que catalizan
Para el sustrato sobre el que actúan
Con respecto a la reacción que catalizan, un enzima normalmente

cataliza una sola reacción química o un grupo de reacciones muy
parecidas
Con respecto al sustrato sobre el que actúan, la especificidad puede

ser absoluta o relativa. Ejemplo enzimas proteolíticos: subtilisina,
tripsina (lado carboxílico lisina/arginina) y trombina (lado carboxílico
arginina/lado amínico glicocola)
Coenzimas y Cofactores
Tipos de enzimas:
Holoproteidos (sólo proteína)
Heteroproteidos. Proteína + componente

no proteico (cofactor)
Tipos cofactores:
Ion metálico (metaloenzimas)
Molécula orgánica (coenzima)

Coenzimas y Cofactores
Enzimas heteroproteidos: fracción proteica/apoenzima + coenzima =

holoenzima
Apoenzima radica la especificidad
Coenzima radica la actividad catalítica

Características de los Coenzimas
1. No son proteínas
2. Son moléculas orgánicas de bajo peso molecular
3. No radica en ellos la especificidad enzimática. Ésta radica en el apoenzima. En el

coenzima radica la actividad catalítica
4. Presentan una gran movilidad electrónica
5. La mayor parte poseen uno o más núcleos cíclicos o heterocíclicos. Estos núcleos
frecuentemente no pueden ser sintetizados por los humanos  deben ser
tomados en la alimentación y suelen ser las vitaminas los precursores de los
coenzimas
6. Reaccionan molécula a molécula con el sustrato
7. Vuelven siempre al estado inicial
8. Son termoestables
Clasificación Coenzimas
1. Según el modo de unión del coenzima al apoenzima:
grupos prostéticos (unión fuerte)
cosustratos (unión débil)
2. Según el tipo de reacción que catalizan:
coenzimas de transferencia de grupo
coenzimas de oxido-reducción
Clasificación Coenzimas
En resumen, los coenzimas actúan como transportadores intermediarios de:
Grupos funcionales
Átomos específicos
Electrones
Catálisis Enzimática
En las reacciones catalizadas enzimáticamente

un aspecto fundamental es que la reacción
tiene lugar dentro del denominado sitio o
centro activo
La superficie del centro activo posee

aminoácidos cuyos cadenas laterales se
unen al sustrato y participan en la catálisis
El sustrato y el enzima forman el denominado

complejo enzima-sustrato
En una reacción sencilla:
E + S ↔ ES ↔ EP ↔ E+P
E = enzima, S = sustrato, P = producto,

ES y EP = complejos transitorios del
enzima con el sustrato y con el
producto, respectivamente
La función básica de un catalizador

es aumentar la velocidad de la
reacción pero no modifica el
equilibrio de la reacción
Entre S y P existe una barrera energética

que representa la energía requerida para
que se produzcan una serie de
transformaciones que son necesarias para
que la reacción tenga lugar
Para que haya reacción química las

moléculas han de superar esta barrera
energética
Esta barrera es lo que se denomina el

estado de transición
La diferencia de energía entre el estado

basal y el estado de transición se
denomina energía de activación o
energía libre de activación (∆G‡)
Energía libre de activación: es la

cantidad de energía necesaria para
llevar todas las moléculas de 1 mol de
sustrato a una temperatura
determinada al estado de transición
Los enzimas aumentan la velocidad

de la reacción disminuyendo la
energía libre de activación
Los enzimas disminuyen la energía libre de activación
Los enzimas son catalizadores muy

eficientes
Entre el enzima y el sustrato se

producen interacciones covalentes que
disminuyen la energía de activación
Sin embargo, gran parte de la energía

necesaria para disminuir la energía de
activación proviene de las interacciones
débiles no covalentes entre el sustrato
y el enzima
El establecimiento de cada interacción débil

entre el enzima y el sustrato viene
acompañado de la liberación de una pequeña
cantidad de energía libre que es denominada
energía de fijación (∆GB)
La energía de fijación es la principal fuente

de energía libre utilizada por los enzimas
para disminuir la energía de activación
Esta energía de fijación

contribuye tanto a la catálisis
como a la especificidad
enzimática
Es en el estado de transición
cuando se forman el máximo
número de interacciones débiles
entre el enzima y el sustrato
Catálisis Enzimática – Energía de Fijación
1. Mediante la energía de fijación el sustrato se puede alinear sobre el enzima de
forma precisa y correcta, generando un gran número de interacciones débiles
entre él y grupos químicos localizados de manera estratégica en el enzima
2. El propio enzima puede experimentar un cambio de conformación cuando se

fija el sustrato, lo que también es inducido por múltiples interacciones débiles
con el sustrato
Este es el denominado encaje inducido (Koshland, 1958)

3. La formación de enlaces débiles entre enzima y sustrato también da lugar a la

desolvatación del sustrato. Las interacciones enzima-sustrato reemplazan la
mayoría de los enlaces de hidrógeno que pueden existir en disolución acuosa
entre el sustrato y el agua
4. La energía de fijación ayuda a compensar termodinámicamente cualquier

distorsión que deba experimentar el sustrato para reaccionar
A pesar de todo lo anteriormente dicho, en la mayoría de los enzimas la energía

de fijación utilizada es sólo una de las diversas contribuciones al mecanismo
catalítico general
Una vez unido el sustrato al enzima, grupos funcionales catalíticos situados

adecuadamente colaboran en la rotura o formación de enlaces mediante
diversos mecanismos:
1. la catálisis ácido- base general
2. la catálisis covalente
3. la catálisis por iones metálicos

Catálisis Ácido-Base General
La catálisis ácido-base general se

refiere a la transferencia de protones
llevadas a cabo por moléculas
diferentes al agua
Varias cadenas laterales de

aminoácidos pueden actuar como
dadores y aceptores de protones en el
sitio activo del enzima
Este tipo de catálisis tiene lugar en la

gran mayoría de los enzimas
Catálisis Covalente
La catálisis covalente implica la

formación de un enlace covalente
transitorio entre el enzima y el sustrato
Diversas cadenas laterales de

aminoácidos, así como los grupos
funcionales de algunos cofactores
enzimáticos, contribuyen a la
formación de enlaces covalentes
transitorios con los sustratos
Catálisis por Iones Metálicos
Los metales pueden participar de diferentes maneras en la catálisis
1. Interacciones iónicas entre un metal fijado al enzima y el sustrato
2. Los metales también pueden facilitar reacciones de oxidación-reducción
Casi una tercera parte de los enzimas conocidos requieren uno o más iones
metálicos para su actividad catalítica (metaloenzimas)
La mayoría de los enzimas utilizan una combinación de varias estrategias

catalíticas para conseguir un incremento de la velocidad de la reacción
Isozimas
Son diferentes formas moleculares de un mismo enzima
Es un mecanismo de regulación (diferentes isozimas en diferentes

células y tejidos/diferentes isozimas en diferentes compartimentos
intracelulares)
Pueden separarse mediante electroforesis
Lactato-deshidrogenasa:
Lactato + NAD+  piruvato + NADH + H+

Isozimas
Cinco isozimas de similar PM (134.000) y con cuatro cadenas polipeptídicas (PM = 33.500)
Dos tipos de cadena polipeptídica: M y H. Diferentes secuencias de aminoácidos. Cada una

codificada por un gen distinto. Por separado son inactivas
Cinco isozimas: M4 (músculo esquelético), M3H, M2H2, MH3 y H4 (músculo cardíaco)
Difieren entre sí en sus valores de KM respecto a sus sustratos (sobre todo respecto al
piruvato) y en los valores de Vmax cuando el sustrato es el piruvato
Complejos Multienzimáticos
A veces, para la culminación de una determinada reacción bioquímica

es necesaria la presencia de varios enzimas que actúan en
determinados pasos intermedios. Esto puede ocurrir con diferentes
grados de complejidad:
1. Los enzimas individuales están en disolución en el citoplasma como

entidades independientes. No están físicamente unidos
2. Los diferentes enzimas individuales se encuentran físicamente asociados y

forman complejos multienzimáticos
3. Los enzimas se asocian a grandes estructuras supramoleculares, como por

ejemplo las membranas

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ENZIMOLOGÍA

Tema 6. Enzimas: concepto y características generales.

La catálisis enzimática es esencial para los sistemas biológicos

Las biomoléculas son muy estables en las condiciones biológicas de manera

Los enzimas son catalizadores biológicos. Son proteínas (excepción

Actúan sobre sustancias denominadas sustratos

Modifican la molécula del sustrato, pero no sufre ninguna modificación

Los enzimas se caracterizan por 2 propiedades fundamentales:

Su especificidad. Son específicos para la reacción que catalizan y para el

La parte del enzima donde se une el sustrato para ser modificado se

Unidad de actividad enzimática. Es la cantidad de enzima que

Actividad específica. Es el número de unidades de actividad

Número de recambio. Es el número de moléculas de sustrato

1. Es una pequeña región de la molécula

2. No es un punto ni una línea. Es una entidad

3. Es por lo general un hoyo o una hendidura

4. El sustrato se une al centro activo mediante

5. Es por lo general apolar

2. Modelo de Koshland (adaptación o encaje inducido)

El sustrato NADP+ se fija en una bolsa complementaria en forma y

Los enzimas son específicos:

Para la reacción que catalizan

Para el sustrato sobre el que actúan

Con respecto a la reacción que catalizan, un enzima normalmente

Con respecto al sustrato sobre el que actúan, la especificidad puede

Holoproteidos (sólo proteína)

Heteroproteidos. Proteína + componente

Ion metálico (metaloenzimas)

Molécula orgánica (coenzima)

Enzimas heteroproteidos: fracción proteica/apoenzima + coenzima =

Apoenzima radica la especificidad

Coenzima radica la actividad catalítica

2. Son moléculas orgánicas de bajo peso molecular

3. No radica en ellos la especificidad enzimática. Ésta radica en el apoenzima. En el

4. Presentan una gran movilidad electrónica

6. Reaccionan molécula a molécula con el sustrato

7. Vuelven siempre al estado inicial

grupos prostéticos (unión fuerte)

cosustratos (unión débil)

2. Según el tipo de reacción que catalizan:

coenzimas de transferencia de grupo

En las reacciones catalizadas enzimáticamente

La superficie del centro activo posee

El sustrato y el enzima forman el denominado

En una reacción sencilla:

E = enzima, S = sustrato, P = producto,

La función básica de un catalizador

Entre S y P existe una barrera energética

Para que haya reacción química las

Esta barrera es lo que se denomina el

La diferencia de energía entre el estado

Energía libre de activación: es la

Los enzimas aumentan la velocidad

Los enzimas son catalizadores muy

Entre el enzima y el sustrato se

Sin embargo, gran parte de la energía

El establecimiento de cada interacción débil

La energía de fijación es la principal fuente

Esta energía de fijación

2. El propio enzima puede experimentar un cambio de conformación cuando se

Este es el denominado encaje inducido (Koshland, 1958)

3. La formación de enlaces débiles entre enzima y sustrato también da lugar a la

4. La energía de fijación ayuda a compensar termodinámicamente cualquier

A pesar de todo lo anteriormente dicho, en la mayoría de los enzimas la energía