Zacharias Janssen y su padre Hans Martens, fabricantes de anteojos holandeses, construyen el primer microscopio compuesto.

Galileo Galilei construye un microscopio compuesto, al que llamó occhiolino, basándose en sus conocimientos de construcción de telescopios. Utilizó para ello una lente cóncava y una convexa.

Giovanni Faber, miembro de la Academia Nacional de los Linces en Roma, acuña la palabra microscopio para referirse al nuevo invento.

Eustachio Divino construye un microscopio equipado con un tubo de longitud regulable entre ocular y objetivo que permite enfocar la muestra y modificar el aumento.

Cherubin d’Orleans construye el primer microscopio binocular combinando dos microscopios monoculares. Se basó probablemente en las indicaciones publicadas por Antonius Maria Schyrleus de Rheita en 1645.

William Henry Fox Talbot construye el primer microscopio de luz polarizada.

John Lawrence Smith inventa el microscopio invertido.

Richard Adolf Zsigmondy inventa el ultramicroscopio. Este tipo de microscopio permite observar muestras con mejores resoluciones que las del microscopio óptico.

Manfred von Ardenne inventa el microscopio electrónico de barrido.

Gerd Binnig y Heinrich Rohrer inventan el microscopio de efecto túnel que permite observar superfícies a escalas atómicas. En 1986 recibieron el premio Nobel de Física junto con Ernst Ruska.

La empresa Carl Zeiss empieza a comercializar el primer microscopio confocal láser de barrido.